Cat OPIDoR - Contributions [fr]

CIIL

2020-01-20T09:33:38Z

CLecoeur :

{{InfoboxStructure
|NomStructure=CIIL
|NomStructureAlternatif=Centre d'infection et d'immunité de Lille, Unité 1019 INSERM, Unité 9017 CNRS, Center for Infection and Immunity of Lille
|Url=http://www.ciil.fr/home/
|Tutelle=INSERM, CNRS, Université de Lille, Institut Pasteur de Lille, CHU de Lille
}}
{{DescriptionStructure
|Description=Le Centre d’Infection et d’Immunité de Lille (CIIL), est une unité mixte de recherche de l'Institut Pasteur de Lille, de l'Inserm (U1019), du CNRS (UMR 8204) et de l'Université de Lille.
Le CIIL est la plus grosse unité de recherche implantée à l’'''Institut Pasteur de Lille''' avec 14 équipes complémentaires organisées en trois grands domaines de recherche :
# Biologie du pathogène
# Stratégies d'infection
# Réponse de l'hôte et processus inflammatoires.
Il regroupe des expertises complémentaires, couvrant un large éventail de disciplines allant de l'épidémiologie, la virologie moléculaire et cellulaire, la bactériologie et la parasitologie, à la base immunologique des maladies infectieuses et non infectieuses et à la traduction en applications cliniques.
}}
{{Affichage relations}}
{{Relations
|Relation=Institut Pasteur de Lille
}}

Transcriptomique et Génomique Appliquée

2020-01-20T09:28:12Z

CLecoeur :

{{Infobox Service
|NomService=Transcriptomique et Génomique Appliquée
|TypeService=Plateforme d'acquisition
|StatutService=En production
|NomAlternatif=TAG
|UrlService=https://www.pasteur-lille.fr/recherche-medicale/plateforme-technologique/
|ContactMel=david.hot@pasteur-lille.fr
|Localisation=Lille
|StructureAppartenance=UMS 2014 - US 41
|PhaseCycleVie=Planification, Collecte, Analyse
|CoordonneeGeographique=50.62804, 3.07408
}}
{{Service
|Description=La plateforme Transcriptomique et Génomique Appliquée (TAG) met à la disposition de la communauté scientifique des applications basées sur les technologies de séquençage haut-débit et de microarray:
- DNA-seq (WGS, amplicon seq, Tn-seq),
- RNA-seq (classique RNA-seq, differential RNA-seq),
- Métagénomique ciblée.

Pour cela, la plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit PGM Ion Torrent (Life Technologies) et a accès à des MiSeq et NextSeq (Illumina), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan).
De plus, des petits équipements permettent la quantification et qualification des acides nucléiques (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).

Ces services de production de données peuvent se faire sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation.
Dans le cadre de ce service, une équipe pluridisciplinaire (biologiste, bio-informaticien, bio-statisticien) peut intervenir depuis la mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.
Durant toute la durée de vie du projet, la plateforme assure la sauvegarde des données produites.
|Discipline=Vie & Santé
|SousDisciplineVie&Sante=Biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale et biophysique moléculaire; Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes
|TypeDonnee=Données de séquençage aux formats bcl, fastq, fast5… Images de scan et d’analyse de microarray aux formats gif, txt, galFichiers d’annotation aux formats gbk, art, txt
|Communaute=Le personnel des établissements publics de recherche et d’enseignement supérieur ainsi que le personnel des établissements privés peuvent bénéficier des services de la plateforme TAG et cela tant en France qu’à l’international.
|Beneficiaire=Ce service est avant tout proposé aux chercheurs qui ont besoin de produire des données de biologie moléculaire dans le cadre de leur projet de recherche.
|ConditionUsage=Les équipements ne sont pas accessibles aux extérieurs. Une équipe de biologistes expérimentés se chargent de réaliser les manipulations. Le service sera réalisé sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation selon la thématique du projet et le financement de ce dernier.
}}

Transcriptomique et Génomique Appliquée

2018-01-12T09:25:35Z

CLecoeur :

{{Infobox Service
|NomService=Transcriptomique et Génomique Appliquée
|TypeService=Plateforme d'acquisition
|StatutService=En production
|NomAlternatif=TAG
|UrlService=https://www.pasteur-lille.fr/recherche-medicale/plateforme-technologique/
|ContactMel=david.hot@pasteur-lille.fr
|Localisation=Lille
|StructureAppartenance=Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - Institut Pasteur de Lille
|PhaseCycleVie=Planification, Collecte, Analyse
}}
{{Service
|Description=La plateforme Transcriptomique et Génomique Appliquée (TAG) met à la disposition de la communauté scientifique des applications basées sur les technologies de séquençage haut-débit et de microarray:
- DNA-seq (WGS, amplicon seq, Tn-seq),
- RNA-seq (classique RNA-seq, differential RNA-seq),
- Métagénomique ciblée.

Pour cela, la plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit PGM Ion Torrent (Life Technologies) et a accès à des MiSeq et NextSeq (Illumina), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan).
De plus, des petits équipements permettent la quantification et qualification des acides nucléiques (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).

Ces services de production de données peuvent se faire sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation.
Dans le cadre de ce service, une équipe pluridisciplinaire (biologiste, bio-informaticien, bio-statisticien) peut intervenir depuis la mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.
Durant toute la durée de vie du projet, la plateforme assure la sauvegarde des données produites.
|Discipline=Vie & Santé
|SousDisciplineVie&Sante=Biologie moléculaire et structurale et biochimie; Génétique, génomique, bioinformatique et biologie des systèmes
|TypeDonnee=Données de séquençage aux formats bcl, fastq, fast5…
Images de scan et d’analyse de microarray aux formats gif, txt, gal
Fichiers d’annotation aux formats gbk, art, txt
|Communaute=Le personnel des établissements publics de recherche et d’enseignement supérieur ainsi que le personnel des établissements privés peuvent bénéficier des services de la plateforme TAG et cela tant en France qu’à l’international.
|Beneficiaire=Ce service est avant tout proposé aux chercheurs qui ont besoin de produire des données de biologie moléculaire dans le cadre de leur projet de recherche.
|ConditionUsage=Les équipements ne sont pas accessibles aux extérieurs. Une équipe de biologistes expérimentés se chargent de réaliser les manipulations.
Le service sera réalisé sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation selon la thématique du projet et le financement de ce dernier.
}}

Transcriptomique et Génomique Appliquée

2018-01-12T09:20:30Z

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{{Infobox Service
|NomService=Transcriptomique et Génomique Appliquée
|TypeService=Plateforme d'acquisition
|StatutService=En production
|NomAlternatif=TAG
|UrlService=https://www.pasteur-lille.fr/recherche-medicale/plateforme-technologique/
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|PhaseCycleVie=Planification, Analyse
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{{Service
|Description=La plateforme Transcriptomique et Génomique Appliquée (TAG) met à la disposition de la communauté scientifique des applications basées sur les technologies de séquençage haut-débit et de microarray:
- DNA-seq (WGS, amplicon seq, Tn-seq),
- RNA-seq (classique RNA-seq, differential RNA-seq),
- Métagénomique ciblée.

Pour cela, la plateforme TAG est équipée d’un séquenceur à haut débit PGM Ion Torrent (Life Technologies) et a accès à des MiSeq et NextSeq (Illumina), d’un système d’isolation et de préparation de librairie au départ de cellule unique (C1 Single Cell Fluidigm) et des solutions intégrées pour travailler les microarrays Agilent Technologies (SureScan) et Illumina (iScan).
De plus, des petits équipements permettent la quantification et qualification des acides nucléiques (BioAnalyzer, Nanodrop, Thermocycleurs, …).

Ces services de production de données peuvent se faire sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation.
Dans le cadre de ce service, une équipe pluridisciplinaire (biologiste, bio-informaticien, bio-statisticien) peut intervenir depuis la mise en place du projet jusqu’à l’analyse des données.
Durant toute la durée de vie du projet, la plateforme assure la sauvegarde des données produites.
|Discipline=Vie & Santé
|SousDisciplineVie&Sante=Biologie moléculaire et structurale et biochimie; Génétique, génomique, bioinformatique et biologie des systèmes
|TypeDonnee=Données de séquençage aux formats bcl, fastq, fast5…
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|Communaute=Le personnel des établissements publics de recherche et d’enseignement supérieur ainsi que le personnel des établissements privés peuvent bénéficier des services de la plateforme TAG et cela tant en France qu’à l’international.
|Beneficiaire=Ce service est avant tout proposé aux chercheurs qui ont besoin de produire des données de biologie moléculaire dans le cadre de leur projet de recherche.
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Le service sera réalisé sous la forme d’une collaboration ou d’une prestation selon la thématique du projet et le financement de ce dernier.
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